Single cell sequencing merupakan proses dalam pengumpulan informasi sekuens dengan menggunakan teknologi NGS (Next-Generation Sequencing) untuk mengkarakterisasikan sel dan mengetahui diferensiasi sel secara penuh. Keilmuan secara genomik pada single-cell sudah semakin berkembang, namun masih menjadi tantangan untuk reproduktivitas, sensitivitas, skalabilitas, dan biaya, terutama ketika sejumlah besar sel perlu dianalisis. Oleh karena itu, pengerjaan secara otomatis dan jumlah volume yang kecil menjadi suatu solusi untuk tantangan tersebut. Nextera XT sample prep kits (Illumina, Inc., USA) merupakan kit yang digunakan untuk persiapan dalam proses pengumpulan fragmen sampel DNA dengan jumlah yang sedikit untuk mencapai hasil dengan tingkat akurasi dan presisi yang tinggi. Mosquito menjadi salah satu solusi untuk persiapan larutan volume rendah dengan viskositas yang berbeda serta volume reaksi yang lebih kecil, sehingga membantu pengguna dalam menghemat biaya reagen dan penggunaan sampel. Mosquito hadir untuk membantu kerja peneliti serta memaksimalkan hasil penelitian dengan kerjanya yang secara otomatis dalam menangani cairan kompleks pada volume rendah. Hal ini mengurangi penggunaan sampel, reagen, sampah plastik serta meningkatkan ketahanan pengujian. Penggabungan inovasi mosquito untuk mengurangi biaya, meningkatkan
produktivitas, dan memaksimalkan hasil penelitian. Adapun inovatif yang disediakan oleh mosquito untuk pengguna yaitu:
- Menyederhanakan yang rumit untuk pengerjaan berulang atau sensitif.
- Meminimalkan dari pengujian 5X menjadi 50X untuk menghemaat penggunaan sampel berharga dan reagen mahal.
- Mengurangi biaya keseluruhan prosedur tanpa mengurangi kualitas hasil akhir.
- Mengoptimalkan waktu dan produktivitas aplikasi untuk throughput sedang/tinggi.
contoh aplikasi yang menggunakan mosquito genomics antara lain:
- Genomik sel tunggal
- Library preparation NGS
- Pembersihan butiran magnet (SPRI).
- Pengaturan qPCR
- ELISA
- Enzim kinetik
Mosquito menyediakan 3 jenis alat yang berbeda dengan fungsi yang sama yaitu membantu pengerjaan cairan secara otomatis untuk pengembangan obat. Mosquito LV, Mosquito LV, dan Mosquito X1 memiliki beberapa perbedaan secara spesifikasi sebagai yang ditampilkan pada gambar dibawah ini:
- Selling Point Mosquito
A. Mosquito HV
- True positive displacement pipetting delivers exceptional accuracy
Memiliki positive displacement yang inovatif mulai dari ukuran nL sampai dengan µL. Dilengkapi dengan mikropipet sekali pakai dengan piston individual menghasilkan akurasi dan presisi yang tinggi apa pun kelas cairannya. Instrumen ini juga cocok untuk segala jenis cairan.
- Low volume, high speed serial dilutions, minimize waste and maximize throughput
Mampu berkerja secara sempurna untuk volume yang rendah, meminimalkan cairan yang tersisa dan memaksimalkan hasil. Mosquito mampu berkerja secara cepat dan andal untuk melakukan penyaluran dalam volume 1 – 10 µL pada beberapa plate untuk menghemat penggunaan reagen dan waktu. Kehebatan lainnya yaitu mampu melakukan penyambilan, penyaluran bahkan pencampuran caira pada SBS plate tipe atau format apapun.
- High throughput plate preparation increases efficiency
Mampu melakukan pemindahan dan pergantian tip secara cepat dari plate ke plate. Pemindahan secara cepat ini mampu dilakukan secara mudah saat akan dilakukan pemindahan tipe plate atau format sehingga mengurangi penggunaan tube.
- Create acoustic-ready plates to complement acoustic screening workflows
Mosquito HV mengembangkan screening alur kerja dengan membuat acoustic-ready plates untuk meningkatkan efesiensi pengerjaan dan mengurangi terjadinya dead volume.
- Walk up and use technology
Software yang ramah pengguna bahkan dapat diakses oleh pengguna pemula, sehingga dapat meminimalkan waktu pelatihan operator dan memiliki pengaturan yang sederhana.
- Disposable pipettes ensure assay integrity
Pipette sekali pakai melindungi terjadinya kontaminasi sehingga dapat memberikan hasil dengan kulitas yang tinggi.
B. Mosquito LV
- Low volume, high speed serial dilutions minimize waste and maximize throughput
Mosquito mampu membagikan cairan berharga dengan volume kurang dari 2 µL ke dalam beberapa plate dalam hitungan menit. Dengan kemampuannya, mosquito dapat mengambil, menyalurkan bahkan mencampur pada segala tipe format SBS plate.
- Rapid plate reformatting and replication increases efficiency
Mudah dan akurat pada saat reformatting antara 96-, 384- dan 1.536- well microplates dengan mereplikasi dari satu plate ke plate lain dalam waktu 1.5 menit/plate.
- Create acoustic-ready plates to complement acoustic screening workflows
Meningkatkan screening alur kerja acoustic untuk kerja pipetting yang lebih cepat dengan volume ukuran nL.
Positive displacement yang inovatif menyalurkan segala jenis cairan secara akurat dan presisi
- Disposable pipettes ensure assay integrity
Pipette sekali pakai melindungi terjadinya kontaminasi sehingga dapat memberikan hasil dengan kulitas yang tinggi.
- Walk up and use technology streamlines user experience
C. Mosquito X1
- High speed, low volume hit picking from plates
Mampu melakukan pengambilan sampel dari individual well dengan volume rendah dan presisi yang tinggi dari segala jenis plate dan memindahkan ke plate yang disediakan hanya membutuhkan 6 detik untuk mengambil, menggerakan plate deck, menyalurkan dan mengganti tip.
- Integration-ready for extended automation capabilities
Mampu berkerja secara otomatis dalam membaca plate barcodes sampai mengidentifikasi well yang akan dituju serta jumlah volume yang akan disalurkan sesuai dengan worklist.
- Versatile single channel pipetting
Bisa menyalurkan dan bahkan mencampurkan sampel pada segala jenis well maupun plate.
- True positive displacement technology delivers exceptional accuracy
Positive displacement yang inovatif menyalurkan segala jenis cairan secara akurat dan presisi dengan pipette sekali pakai melindungi terjadinya kontaminasi sehingga dapat memberikan hasil dengan kulitas yang tinggi.
- Preserve valuable compound stocks
Dead volume yang sangat rendah yaitu sebesar <0.3 µL, memperkecil sampel maupun reagen yang berharga terbuang.
- Walk up and use technology streamlines user experience
Alat yang mudah untuk digunakan dan software yang mudah diakses oleh pengguna sehingga dapat meminimalkan waktu pelatihan operator dan memiliki pengaturan yang sederhana.
- Manual vs Mosquito
Mari kita bandingkan hasil kinerja antara mosquito HV dan manual dalam penanganan volume rendah.
Mosquito HV
Keakurasian penyaluran Mosquito HV diukur mulai dari volume 500 nL hingga 5 µL dengan pengulangan sebanyak 64 kali. Hasil menunjukkan bahwa nilai akurasinya yaitu sekitar 2% dan CV <3% jika dirata-ratakan. Sehingga mosquito telah terbukti mampu melakukan penyaluran secara akurat.
Setelah dinyatakan akurat, hasil pengenceraan dengan mosquito HV dan manual kemudian diuji dan dibandingkan respon dosis dari senyawa yang tersalurkan. Hasil menunjukkan bahwa keduanya tidak memiliki perbedaan yang signifikan. Sehingga, mosquito HV dapat diandalkan tidak hanya untuk penyaluran cairan saja, namun untuk melakukan pengenceran yang diperlukan di beberapa aplikasi pengujian.
Fleksibelitas dari mosquito HV juga diuji sesuai dengan gambar dibawah. Fleksibelitas mosquito HV dapat dilihat bahwa untuk perubahan protokol, plate ataupun liquid tidak memerlukan kalibrasi atau pengaturan ulang. Pengguna hanya perlu merubah format, merubah letak plate, merubah cairan pengujian yang disiapkan hanya dengan software. Selain itu, perubahan tipe dan forma plate bisa digunakan dengan protokol yang sama. Mampu melakukan pemindahan cairan ke 4 plate dengan cepat (<1.5 menit/plate (format 384)) dengan menghabiskan 384 tip saja.
Nah, bagaimana sobat? Mosquito jelas memberikan manfaat serta potensi unggul dalam penanganan cairan walapun dalam volume terkecil untuk persiapan NGS, PCR, ELISA dan masih banyak lagi nih. Jika sobat tertarik, Sobat Sains bisa menghubungi tim marketing kami untuk informasi lebih lanjut.
Terima kasih telah membaca artikel ini, Sobat!
Sumber: https://www.sptlabtech.com/
Sumber Pustaka
Head, S. R., Kiyomi Komori, H., LaMere, S. A., Whisenant, T., Van Nieuwerburgh, F., Salomon, D. R., & Ordoukhanian, P. (2014). Library construction for next-generation sequencing: Overviews and challenges. BioTechniques, 56(2), 61–77. https://doi.org/10.2144/000114133
Junando, M., & Damayanti Farmasi, E. (2023). Ervina Damayanti | Next-Generation Sequencing Sebagai Solusi Baru Untuk Mendiagnosis Multidrug-Resistance Tuberculosis Medula | (Vol. 13).
Pearson, A., Buckley, R., & Rees, Huw. (n.d.). Next-generation sequencing library preparation on firefly – a compact, novel liquid handler. SPT LABTECH.
SPT Labtech launches firefly for LDT to streamline liquid handling in NGS-based lab developed tests. (2023, November 1). Manufacturing Chemist.